Over de stichtingsdatum van het begijnhof ter Hoyen bestaat veel onduidelijkheid. Waarschijnlijk was er op de plaats waar nu het begijnhof staat reeds in de 13de eeuw een groepering vrouwen aanwezig. De vrouwen verkregen een eigen kapel met een kerkhof en een priester. Dit was essentieel voor het verzelfstandigingsproces. Hooie of Hoye is de naam van het weiland waarop men het begijnhof bouwde. Toegewijd aan Maria volgde hieruit als vanzelf de naam Onze-Lieve-Vrouw ter Hoyen.
Het Begijnhof kende doorheen zijn geschiedenis heel wat bedreigingen waaronder de Beeldenstorm van 1566, de Gentse Calvinistische Republiek en de Franse overheersing na de Franse Revolutie. Toch wist het hof deze bedreigingen te doorstaan. In de 17de eeuw kende het begijnhof zijn grootste bloeiperiode. De katholieke kerk deed er toen alles aan om het geloof te herstellen na de reformatie. Aan het einde van de 18de eeuw ging het begijnhof achteruit. Er waren niet genoeg inkomsten om het hof te onderhouden. Hierdoor kocht de Duitse hertog van Arenberg in 1862 het begijnhof aan. Na de Eerste Wereldoorlog werden alle bezittingen van de hertog verkocht aangezien hij een Duits onderdaan was. Intussen hadden de begijnen in ter Hoyen plannen om het begijnhof zelf aan te kopen. Dit geschiedde in 1924. Het begijnhof richtte een eigen VZW op en ging over tot de aankoop. Na de Tweede Wereldoorlog was de geleidelijke achteruitgang van het begijnhof niet meer te stoppen. In 1963 werd het begijnhof beschermd via een Koninklijk Besluit. In de jaren 1990 begon de restauratie waarbij de gerestaureerde woningen, grotendeels uit de 17de eeuw, rood werden geschilderd. Sinds 5 december 1998 is het begijnhof uitgeroepen tot werelderfgoed, erkend door de UNESCO. Ondertussen kregen de conventen en de huize nieuwe functies. In september 2004 verhuisde de laatste begijn Hermina Hoogewijs († 2005) wegens gezondheidsproblemen naar het klooster van de zusters apostelinnen in Wetteren. Hiermee was het begijnenleven in ter Hoyen voorgoed uitgedoofd. Vandaag worden de huisjes en de conventen in erfpacht gegeven of verhuurd. De sporen die we tegenwoordig zien, zijn die van het 17de-eeuwse begijnhof. Het begijnhof omvat de kerk, het groothuis, de infirmerie, de Godelievekapel, de pastorie en de onderpastorie, negentig huizen en zeven conventen.
Kort na 1200 duiken de begijnen voor het eerst op. Door de stijgende populariteit van de religiositeit werd gezocht naar nieuwe vormen om een gelovig en vroom leven te leiden. Er ontstonden tal van nieuwe kloosters. Nieuw was ook een leven als begijn.
Aanvankelijk leefden de begijnen verspreid in de stad. Naderhand gingen ze samenwonen en dit bij voorkeur in de nabijheid van een kerk of een kapel. Langzamerhand groeide deze gemeenschap vrouwen uit tot een kleine stad binnen een grotere stad. De kerk reageerde in het begin wantrouwig op deze vrouwenbeweging. Dankzij de bemiddeling van de Franse bisschop Jacques de Vitry liet paus Honorius III de begijnenbeweging uitzonderlijk toe in de Lage Landen. Enkel begijnen die vrijwillig gingen samenwonen onder toezicht van een mannelijke kloosterling of een seculiere priester werden geduld. De vrouwen stonden dus niet los van de kerkelijke hiërarchie.
Alle huizen en conventen hebben een doorlopende muur met een toegangspoortje. Een convent was een gemeenschapswoning waarin minder gegoede begijnen en ook aspirante begijnen leefden. Ze stonden onder leiding van een conventmeesteres.
In totaal staan er zeven conventen in het begijnhof gesitueerd rondom de binnentuin. De meeste conventen werden in de 17de eeuw herbouwd volgens de gotisch woonstijl. Naast de gemeenschappelijk keuken, refter, werkkamer en spreekkamer, had elke begijn een eigen cel als slaapkamer. Het aantal inwonende begijnen varieerde van zes tot dertig per convent. Vaak woonden begijnen die familieleden of streekgenoten waren in hetzelfde convent.
Aangezien de begijnen instonden voor eigen levensonderhoud zat er niets anders op dan dagdagelijks de handen uit de mouwen te steken. De begijnen vervaardigden lakens, deden aan kantklossen of spinden, naaiden en herstelden kleding. In 1793 naaiden de begijnen zelfs de hemden voor het Franse leger. Ziekenzusters werkten in de infirmirie maar konden ook buiten het hof hun diensten aanbieden bij familie of kenissen. Daarnaast gaven enkele begijnen les.
Het begijnhof telden in totaal 89 huisjes waarvan de oudste dateren uit de 17de eeuw. Enkele huizen zijn zeer ruim. Wie voldoende kapitaal had, kon zich kandidaat stellen voor een huisje. Bij overlijden of bij uittreding keerde het huis zonder vergoeding terug in het patrimonium van het begijnhof. Sommige begijnen werden bijgestaan door een dienstmeid.
De middeleeuws kerk is vandaag verdwenen. In 1657 besloot grootmeesteres Philipotte Dysembaert dat het oude gebouw gesloopt moest worden om plaats te maken voor een volledig nieuwe kerk in de (Vlaamse) renaissancestijl.
Bij gebrek aan financiële middelen viel in 1660 de bouw stil waarop de kerk afgesloten werd met een houten gevel.
In 1710 vatte de nieuwe grootmeesteres Isabelle Françoise van Hoorebeke de bouw weer aan. Zij wilde de kerk verder afwerken volgens de barokke bouwtrant en niet volgens de originele renaissancestijl. De nieuw plannen stootten op verzet bij de geestelijken die een sobere stijl meer passend vonden. Van Hoorebeke hield echter voet bij stuk en kreeg na veel getouwtrek de verantwoordelijkheid om de kerk naar eigen goeddunken op te bouwen. Het werd een rijkelijke versierde kerk.
Hoewel de kerk het resultaat is van twee bouwcampagnes lijkt het alsof ze in één worp tot stand is gekomen. Op de gevel prijkt centraal een Mariabeeld met Kind. De grote nissen aan weerzijden bevatten beelden van de Heilige Aya en de Heilige Godelieve. De tweede geleding heeft een rondboogvormig venster tussen pilaster en een bekronend gebogen fronton op engelenhoofdjes, de hoekpostamenten dragen siervazen. In de klokvormige attiek ziet men een gedateerde cartouche “1725” en siervazen met vlammen op de hoeken.
In de kerk bevindt zich de grote polyptiek geschilderd door Lucas Horenbault in 1596.
Op het feest van de Opdracht van de Heilige Maagd Maria in de tempel of Maria Presentatie viert de Kerk dat de ouders van Maria haar opdroegen in de tempel. Daarmee viert de Kerk dat Maria, vervuld van de heilige Geest, vanaf haar Onbevlekte Ontvangenis geheel aan de Heer was toegewijd.
Het feest is niet gebaseerd op Bijbelse geschriften maar op het Proto-Evangelie van Jacobus. Daarin wordt verhaald dat Joachim en Anna uit dankbaarheid voor haar miraculeuze geboorte Maria toewijden aan god in de tempel, waar ze bleef tot haar puberteit.
Het is in de katholieke kerk een gedachtenis die valt op 21 november. In de Orthodoxe Kerk is het een van 12 Grote Feesten, waar het Opdracht van de Moeder Gods in de tempel genoemd wordt. Sinds de achtste eeuw wordt deze gedachtenis in het Oosten gevierd. Later introduceerden geestelijken uit Constantinopel het feest van Maria Presentatie in het Westen.
De grote polyptiek De fontein des levens is geschilderd door Lucas Horenbault in 1596. De opschriften onder en op de polyptiek zijn in het Nederlands in plaats van het gebruikelijke Latijn. De keuze voor het Nederlands was ongetwijfeld uit respect voor de ongeschoolde begijnen.
Het bloed uit de vijf wonden van Christus vloeit in het bovenste bekken van De fontein des levens dat centraal te zien is op het schilderij. De hemelingen houden hun gouden kelken met bloed in de handen. De martelaren voegen hun bloed bij dat van Christus. Beneden bieden de knielende gelovigen, aangevoerd door de paus, hun hart aan om druppels bloed te ontvangen. In de linker benedenhoek ziet men de hoofden en de handen van de zielen in het vagevuur. In de rechterhoek van het centrale paneel staan de koningen en de geleerden. Zij knielen met de rug naar de fontein. Het zijn de ongelovigen en de ketters die de dogma’s van de katholieke kerk verwerpen. Op de buitenluiken wordt links het Oude Testament voorgesteld en rechts het Nieuwe Testament. De dogma’s en de kern van het katholieke geloof worden voorgesteld. Het katholieke geloof is de enige bron van genade. Ketterijen monden enkel uit in de hel.
De kapel bij de infirmerie kreeg een belangrijke rol vanaf het midden van de 16de eeuw. Toen werd een beetje versteend bloed van de Heilige Godelieve aan het begijnhof geschonken. In 1659 wisten pastoor Rochus de Scheemaecker en grootmeesteres Philipotte Dysembaert een sterke impuls te geven aan de Godelieveviering.
Het bloedrelikwie werd toen geruild voor een deel van de schedel. De verering steeg zo sterk dat de infirmeriekapel de naam Godelievekapel kreeg. Door de grote toeloop van vereerders werd de kapel omstreeks 1725 vergroot. Het werd een populair bedevaartsoord tegen oog- en keelkwalen. Aan het einde van de 18de eeuw kreeg de kapel zijn huidige gedaante.
De begijnenbeweging mag niet verward worden met een kloosterorde. Kloosterzusters legden een eeuwige gelofte af van gehoorzaamheid, kuisheid en armoede. De begijnen verklaarde voor een bepaalde tijd sober en in kuisheid te zullen leven.
Ze deden dus geen belofte van armoede. Binnen het begijnhof behielden de vrouwen hun bezittingen en bleven ze bijgevolg leven volgens hun stand. Daartegenover stond dat een begijn moest voorzien in haar eigen levensonderhoud. Het werken en kerken werd door de begijnen gecombineerd. De begijnen waren vrij om het begijnhof te allen tijde te verlaten en dit zelfs om te huwen. In het hof leefden vrouwen van verschillende leeftijd, ongehuwd of weduwe, samen volgens de principes van de Regel⎋ die ze als begijn dienden te respecteren. Alle aspecten van het dagelijks leven en de sociale verhoudingen werden zorgvuldig omschreven in de Regel. Deze voorschriften werden twee keer per jaar in elk convent luidop voorgelezen in aanwezigheid van alle begijnen en de aspirant begijnen.